L’expression sociale du sentiment religieux est en butte à une contestation croissante en Europe, notamment en France. D’où la stupéfaction mêlée d’incrédulité chez bien des touristes qui découvrent que la religion dans la grande île, comme dans la plupart des sociétés du monde, se mêle à tous les domaines de la vie et fait partie intégrante de la culture. Faute de chiffres précis, on estime qu’une petite moitié de la population malgache vénère le Créateur et les ancêtres, l’autre se réclamant du christianisme historique (catholique, réformé, luthérien, anglican) ou de récentes églises dites évangéliques ; l’islam enfin pourrait réunir entre 5 et 7 % de la population, mais il en revendique davantage.

Quelle que soit son affiliation religieuse, le Malgache vit en communion avec Zanahary (le Créateur), les razana (ancêtres) et les membres de sa grande famille. Tous sont reliés au même aina (vie), un flux qui part de Dieu, passe par les ancêtres et se prolonge dans l’homme, génération après génération. Insérés dans ce courant ininterrompu, les parents le prolongent par leurs enfants, sombin’ny aina (parcelle de vie). Sur cette dimension verticale et temporelle s’articule l’axe horizontal et spatial de l’aina. La nature, le voisinage, la maison, et jusqu'à la rizière ou la pirogue, sont intégrés dans le même flux vital. « Mamy ny aina » (la vie est douce), dit le proverbe : l’intégration dans ce tout matériel, humain et spirituel, fait l’une des spécificités du mode de vie malgache.
Le plus spectaculaire des rites religieux est le famadihana (si mal appelé « retournement des morts »), fascination pour les touristes européens dont la société exclut, à défaut de la mort elle-même, tout contact avec le mort. Le bon sens continuant à prévaloir à Madagascar, la mort y fait partie de la vie et se célèbre comme elle le mérite. Lorsque donc vient le temps d’exhumer les défunts (dont les corps enveloppés de linceuls sont déposés sur une banquette de pierre), le tombeau familial est ouvert. Les restes nettoyés et enveloppés de linceuls neufs sont promenés avec chants et danses dans les lieux qui leur étaient familiers. Puis le repas de vary be menaka, auquel est invitée la communauté villageoise, célèbre ceux qui ont accédé au rang d’ancêtres, tandis qu’une troupe de mpihira gasy anime la fête qui réconcilie tous les membres de la famille.
Le contenu de la religion traditionnelle reste flou, et n’a pas encore fait l’objet d’études rigoureuses. Il s’identifie aux croyances et aux rites constitutifs de la culture, ce qui le prive d’un cadre moral de référence, la coutume étant étrangère aux critères éthiques et dépourvue de toute obligation de perfection. Vécue sur un mode personnel et familial plus que social, animée par la logique du fihavanana et focalisée sur l’accession au tombeau ancestral, cette forme religieuse trouve son centre de gravité dans le culte des ancêtres. Mais son manque d’implication sociale influence encore le comportement quotidien des chrétiens, pour qui le culte divin ne va pas toujours avec la promotion des droits humains.
Aujourd’hui, le phénomène religieux à Madagascar se heurte à deux obstacles majeurs, qui en pervertissent le sens et le font évoluer de façon inquiétante pour son avenir. Le premier est l’instrumentalisation du religieux par le pouvoir politique. Dès 1835, Ranavalona Ire a interdit et persécuté le christianisme naissant au nom de la sacralité de son pouvoir traditionnel ; inversement, la conversion au christianisme de Ranavalona II en 1869 a été imitée par la noblesse et nombre de sujets par opportunisme plus que par conviction. Plus récemment, le FFKM (Conseil des Églises chrétiennes à Madagascar) a ouvertement pris parti pour l’opposant Zafy à partir de 1990, comme il l’a fait en 2002 avec Ravalomanana. Leur échec à tous deux a sérieusement entamé la crédibilité de ces Églises. Le second obstacle est celui du cléricalisme. Transposition au sein des Églises de la manière dont les politiques exercent le pouvoir, il se caractérise par l’autoritarisme des clercs, leur goût de l’argent et leur souci du paraître. Il infantilise le peuple chrétien et le rend irresponsable, provoquant le départ de beaucoup vers ce qu’on appelle les « sectes », ainsi que le désengagement des responsables les plus valables.